Om onderwater metingen te verrichten om de waterkwaliteit en de biodiversiteit te beoordelen wordt een specifieke methode gevolgd onder de naam ‘Project Baseline’. Dit is een systematiek die wereldwijd wordt toegepast om de ontwikkeling van het milieu onderwater vast te stellen.
Duikers van Atlantis spelen een belangrijke rol in de uitvoering van Baseline in de Zegerplas. Gedurende een langere periode moeten elke twee tot drie weken onderwater metingen worden gedaan. Deze metingen betreffen vooral het zicht en de ontwikkeling van leven zoals plantengroei en de aanwezigheid van verschillende diersoorten als vissen, rivierkreeftjes en garnalen.
Om te starten zijn er door Atlantis dieptescans gemaakt om het gebied te bepalen waar metingen moesten worden verricht. Hier zijn 3D kaarten van gemaakt. Waarna vanaf november 2015 begonnen werd met de Baseline-metingen.
In dit onderzoek werkt Atlantis samen met de Nederlandse tak van Project Baseline, de biologie werkgroep van de NOB en Stichting Anemoon. Organisaties die zich allen bezighouden met biologisch onderwater onderzoek.
In 2016 werd uit de metingen al geconcludeerd dat het zicht met een halve meter verbeterd was en dat het onderwaterleven veranderde.
Zo werd de wolhandkrab vaker gesignaleerd dan voorheen en was voor het eerst de steurgarnaal te zien. Deze bezienswaardigheden wezen er op dat nieuwe soorten vanuit de Oude Rijn hun weg vonden naar de Zegerplas. Dit was een bijzondere en belangwekkende ontdekking.